Снять с регистрационного учета в РФ можно двумя способами.
1. По заявлению лица, которое снимается с учета или его законных представителей.
2. По суду.
Ваш вариант очевиден.

Решайте через суд.

Ничего страшного в суде нет. А то, что Вы мягкий и добрый человек, это даже лучше и прекраснее. А то вокруг одни лицемеры и хапуги.
Удачи Вам!

Я бы советовал тоже, сначала попытаться договориться. А потом уже, если не получится, тогда - да, суд.

переговоры
суд

Если судить по-жизненному, то, возможно, Максим и прав. Можно обойтись малой кровью, договоритесь с бывшей сожительницей.

Тут одна дорога - судиться. Найдите хорошего адвоката по подобного рода делам.

Или попробуйте договориться с матерью. Может, заплатите ей немного...

Что значит -".. взял эту семья полностью на себя то при рождении ребенка прописал у себя..."?
Официально, т.е. вступив в брак, вы отношения не оформляли, правильно я понимаю?..
На каком основании Вы тогда прописали ребенка?.. Вы его усыновили? Был факт признания отцовства?..
Раз Вы прописали ребенка, значит, зарегистрировали и его маму, либо - признали за собой отцовство. И снятие с регучета в этом случае- совсем другая история.
...много вопросов, зная ответы на которые, можно что-то посоветовать. А так - это только догадки.

В паспортном столе по заявлению выпишут только с письменного согласия матери.. придется через суд..

Ситуация неоднозначная, нужно разбираться в деталях, работа узкопрофильного специалиста.